Cancer Informatics
Projektleitung: Jan-Philipp Cieslik
Dank immer weiter sinkender Kosten für Hochdurchsatzverfahren wie z.B. Next Generation Sequencing (NGS) verändert sich die klinische Entscheidungsfindung z.B. bei Krebserkrankungen und die dazugehörige Forschung rasant. Ebenso verändert die immer stärkere Globalisierung und Digitalisierung der Medizin die digitalen (in silico) Forschungsmöglichkeiten. So stehen jedem Forscher auf der Welt hunderttausende Datensätze auf Abruf zur Verfügung. Portale wie cBioPortal versuchen, diese Daten zu bündeln und leichter durchsuchbar zu machen.
Gleichzeitig bilden wir unsere Medizin- und Biologiestudierenden nicht genügend in solchen Technologien aus, um sie adäquat anwenden zu können. Mit unserem "Cancer Informatics"-Projekt zielen wir auf Studierende ohne informatisches Vorwissen ab, um sie schrittweise an in silico Forschung heranzuführen.
Unsere E-Learning-Plattform setzt sich aus vielen kleinen Submodulen zusammen. Dabei vermitteln wir zunächst absolute Grundlagen im Umgang mit Daten an sich und in der Bedienung von Programmierumgebungen.
Den Studierenden wird dabei ein Mix aus Texten, aufgezeichneten Vorlesungen und interaktiven Aufgaben geboten. Im Zentrum stehen dabei fallorientierte Aufgaben bei denen die Lösungsvorschläge automatisch ausgewertet werden können („Autograder“). Die Studierenden erhalten so eine praxisnahe Einführung in Programmiersprachen wie R und Python und können in einem sicheren Rahmen lernen. Unsere E-Learning-Module können sowohl eigenständig als auch in Kombination mit einem von unseren Wahlfächern genutzt werden. Da alle Materialen (sogar die Webseite an sich) unter einer Open-Source-Lizenz veröffentlich werden, können die Inhalte von jedem kostenfrei genutzt werden und jeder kann sowohl Änderungsvorschläge, als auch (unter Prüfung und Moderation der verantwortlichen Administratoren) neue Inhalte beitragen.